澎湖群島

澎湖天后宮是台灣歷史最悠久的廟宇，位於台灣澎湖縣馬公市，原稱娘娘宮、天妃宮、媽宮。「媽宮」本作此地地名，大正9年（1920）日本政府將媽宮澳改名為「馬公街」。現在閩南語呼「馬公」仍以「媽宮」（Má-keng）稱之。

馬祖列島

有一說湄洲鄉親於馬祖島迎回默娘聖體，留下紀念衣物為衣冠塜。馬祖人則認為，媽祖葬於現今馬祖南竿鄉馬祖天后宮宮內的靈穴石棺中，且興廟供奉相傳至今，成為馬祖居民最重要的信仰之一。此島因而稱為「媽祖島」，或因傳抄而寫為「馬祖島」，爾後中華民國國軍進駐，正式改稱為馬祖，馬祖之名遂使用至今（法定行政縣名為連江縣），此村則稱「馬祖村」，該處港口稱「馬祖港」，簡稱「馬港」。馬祖天后宮之鄰山設有媽祖宗教文化園區，園區中建有媽祖巨神像，於2009年10月完工成為全世界最高之石製之媽祖神像，高度有28.8公尺。連江縣政府近來於每年農曆九月初九重陽節舉辦「媽祖在馬祖--昇天祭」，以「媽祖在馬祖」作為招徠觀光客之口號與行動，也讓世人以此感念媽祖孝順慈愛的精神。馬祖的媽祖信仰根據清初《使琉球記》中記載，媽祖林默娘28歲時因父兄駕船駛至閩江口海域，遇風浪船毀人溺，媽祖為救父兄入海罹難，她的遺體當年隨海漂至閩江口附近的小島（即今日馬祖列島的南竿島），為漁民打撈上岸，並將她葬在岸邊。湄洲島的鄉親一度以為默娘失蹤沒下落，故稱她已羽化昇天成仙，且為感念其孝心，遂蓋廟紀念她的孝行。經後代學者查知，媽祖葬於現今馬祖南竿鄉馬祖天后宮內靈穴石棺中，且興廟供奉媽祖世代相傳至今，成為馬祖居民最重要的信仰之一。此島因而被稱為媽祖島，爾後改稱為馬祖島，馬祖之名遂使用至今。
目前馬祖馬港的馬祖天后宮仍可看見媽祖的靈穴，且從未移動過，據說每次有意移動，都會有一些不可思議事件發生。如1963年國軍因辦理伙食時不慎發生火災，燒了部分廟體，為平息眾怒而承諾改建，工兵在施工時無意將地磚舖過靈穴，隔天地磚離奇地全部破碎；2001年的改建，施工單位原本怕破壞靈穴所在，打算暫時遷移，但鑽地的地鑽卻突然斷裂；而最近一次，也就是改建落成時，廟方原本想為靈穴塗上油彩，但奇怪的是，任何塗漆都難以上色，經擲筊請示，媽祖做了保持靈穴原樣原色的指示。而靈穴就在香案前方，為保護靈穴，廟方也裝上了強化玻璃。目前廟殿供奉著福建馬祖籍登山怪傑李小石攀登珠穆朗瑪峰（聖母峰）時，所揹帶的媽祖金身聖像。馬港天后宮是南竿鄉的信仰中心，據說，每次有大災難之前，都會見到由靈穴飛出一團火球，當地居民說看到火球飛出，就知道媽祖娘娘又出去救海難了。2009年，高達28.8公尺的媽祖巨石像正式於馬港天后宮旁揭幕，不僅全部以花崗岩打造，而且也成功挑戰世界第一高的金氏世界紀錄，28.8公尺的高度對照馬祖的總面積28.8公頃，象徵著媽祖將守護馬祖每吋土地上的子民，更強化「媽祖在馬祖」的意涵。連江縣政府近來於每年農曆九月初九重陽節舉辦「媽祖在馬祖--昇天祭」，以「媽祖在馬祖」作為招徠觀光客之口號與行動，也讓世人以此感念媽祖孝順慈愛的精神。金門列島金門料羅灣濱海處建有「金門媽祖公園」，恭設湄洲媽祖廟所捐贈高達990公分的媽祖聖像。料羅港為兩岸分治後在金門縣「宗教直航」之港口(馬祖為南竿鄉福澳港)，採類似「小三通」之方式，輸送信眾往返兩岸。料羅灣附近有料羅順濟宮，迄今有八百年以上歷史。